علی خطیر، مدیرعامل استقلال، در واکنش به نامه منتشرشده توسط ورزش‌آنلاین با محتوای ماموریت هیات مدیره به او برای برکناری نکونام، به رسانه رسمی باشگاه گفت: «نامه‌ای بدون امضا، بدون تاریخ و بدون شماره منتشر شد که از اساس غلط و غیر واقعی است. نکونام سال‌های سال در استقلال خواهد بود.»
خطیر در این خصوص گفت: «به نظر می‌رسد حواشی دیگر تیم‌ها در روزهای اخیر سبب شده تلاش‌هایی برای ضربه زدن به آرامش استقلال صورت بگیرد. من و جواد نکونام هر دو متحد هستیم و به هیچ وجه اجازه نخواهیم داد شخص یا اشخاصی ضربه‌ای به آرامش تیم بزنند و خللی در روند کاری تیم ایجاد کنند.»
مدیرعامل استقلال در مورد همکاری با نکونام هم گفت: « مطمئنا جواد نکونام سال‌های سال در استقلال خواهد بود. خطاب به هواداران محترم و عزیزمان هم می‌گویم اگر من در استقلال بودم و جواد نکونام بخواهد برود؛ مطمئن باشید یک روز قبل از رفتنش من استعفا می‌دهم و می‌روم.»