با اعلام رسمی باشگاه پرسپولیس، همکاری این باشگاه با یحیی گل‌محمدی پس از چهار سال به پایان رسید: «دو طرف بر سر موضوعات مختلف برای اقاله قرارداد به توافق رسیدند. در پی این توافق‌ها، دو طرف امشب، با امضای توافق‌نامه کار را نهایی کردند و پایان این همکاری اعلام می‌شود.»
گل‌محمدی که از میانه‌های لیگ نوزدهم جانشین گابریل کالدرون روی نیمکت پرسپولیس شد، طی دوران حضور چهارساله خود در دومین مقطع سرمربیگری خود در پرسپولیس سه قهرمانی لیگ برتر، نایب‌قهرمانی لیگ قهرمانان آسیا، قهرمانی جام حذفی و دو سوپرجام فوتبال ایران را به دست آورد.
گل‌محمدی با حمایت از خیزش انقلابی مردم ایران پس از کشته‌شدن مهسا امینی، با فشارهای بی‌سابقه‌ای از سوی نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی مواجه شد. سرمربی پرسپولیس پس از دیدار برابر تراکتور که بازیکنان این تیم با وجود تهدیدهای حضوری و شبانه در اردوی تیم از سوی نیروهای امنیتی با مچ‌بند مشکی وارد زمین شده بودند، گفت: «شرایط بازی و قبل بازی نرمال نبود. خوشحالم در تیمی حضور دارم و با بازیکنانی کار می‌کنم که شرف و مردانگی و معرفت‌شان را نشان دادند.»
او در تمرینات پس از بازی با تراکتور در اقدامی نمادین برای همراهی با مردم معترض ایران، موهای سر خود را تراشید و با پیراهن مشکی در بازی‌ها و کنفرانس‌ها حاضر می‌شد. اتفاقی که البته با اعتراض هواداران جمهوری اسلامی همراه شده و رسانه‌های وابسته به سپاه و سخنرانان تندرو خواهان کنار گذاشته‌شدن او از سمت سرمربیگری پرسپولیس شدند.
احضارهای چندباره از سوی نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی و تذکرات مداوم به سرمربی پرسپولیس هم مانع از تداوم همراهی او با مردم در جریان اعتراضات سراسری نشد و استوری اینستاگرامی دوباره گل‌محمدی در واکنش به کشته‌شدن مهسا امینی با متن «این داغ فراموش نمی‌شود» نشان داد سرمربی پرسپولیس قصدی برای کرنش مقابل حاکمیت ندارد.
او در پایان بازی برابر آلومینیوم که با اشتباهات فاحش داوری به ضرر این تیم همراه شده بود، گفت: «اتفاقات فوتبالی پیش نمی‌رود و مشکوک و بودار است. اگر من سرمربی این تیم نبودم، این اتفاقات نمی‌افتاد. ما جام اصلی را هفته هفتم [بازی تراکتور] گرفتیم. این جام‌های فلزی را زیاد در باشگاه داریم، هست، زیاد. ما احتیاجی به این جام‌های فلزی نداریم. ما جام شرف را بردیم و بازیکنان ما ثابت کردند بهترین هستند. ثابت کردند باشرفند.»
گل‌محمدی اما با وجود کسب سه‌گانه فوتبال ایران در پایان فصل ۰۲-۱۴۰۱ با پیشنهادی برای تمدید قرارداد از سوی باشگاه پرسپولیس مواجه نشد.
در ادامه کنارگذاشتن اجباری کریم باقری، دستیار اول گل‌محمدی، پیش از شروع لیگ جدید اقدامی بود که بسیاری از کارشناسان و اهالی فوتبال از آن به عنوان اعلام موضع حکومت در قبال سرمربی سرخ‌پوشان و البته سرنوشت نزدیک به وقوع برای آینده کاری گل‌محمدی در پرسپولیس، یاد کردند.
جایی که با وجود اعلام آمادگی کریم باقری برای ادامه همکاری با پرسپولیس و اعلام نیاز گل‌محمدی به حضور دستیار اولش، در نهایت مدیران باشگاه بدون ذکر هیچ دلیلی از ادامه همکاری باقری با پرسپولیس جلوگیری کردند. اقدامی که البته دلیل آن برکسی پوشیده نبود؛ همراهی کریم باقری با خیزش انقلابی مردم ایران.
گل‌محمدی در لیگ بیست‌وسوم هم با چالشی تازه مواجه شد و این بار پاسخ تند او به روزنامه سپاه، به تنش میان او و ارکان قدرت جمهوری اسلامی بدل شد. جایی که در پاسخ به «مفت‌خور» خواندن فوتبالیست‌ها توسط روزنامه جوان، در نشست خبری گفت: « ما مفت‌خور نیستیم، مفت‌خور کسی است که از منابع و ثروت مردم دزدیدند و در کانادا و آمریکا زندگی می‌کنند. از آنها بنویسید، آدرس اشتباه ندهید. همه اهالی فوتبال باید متوجه باشند که این افراد می‌خواهند ریشه فوتبال را بزنند و نشاط را از مردم بگیرند. دوست دارند همه مردم ناراحت باشند و گریه کنند. آنها همین افراد هستند.»
در ادامه حملات «ایران ورزشی» و «ایرنا»، روزنامه و خبرگزاری دولت جمهوری اسلامی به این سرمربی آغاز شد و با تیترهایی نظیر «امپراطور غر، شاکی از زمین و زمان» به گل‌محمدی تاختند. حملات و فشارهای رسانه‌ای که تا تعیین جانشین برای این سرمربی پیش از بازی‌های حساس آسیایی برابر النصر و الدحیل هم پیش رفت.
او در پایان نیم‌فصل، تیمی که سه بازیکن ملی‌پوش خود (پورعلی‌گنجی، امیری و سلمانی) را با آسیب‌دیدگی طولانی‌مدت از دست بود، در رده سوم جدول و فاصله دو امتیازی با صدر تحویل سرمربی بعد می‌دهد تا رسما دوران حضور چهارساله‌اش در پرسپولیس با شش جام و یک نایب‌قهرمانی آسیا تمام شود.
در ادامه حملات «ایران ورزشی» و «ایرنا»، روزنامه و خبرگزاری دولت جمهوری اسلامی به این سرمربی آغاز شد و با تیترهایی نظیر «امپراطور غر، شاکی از زمین و زمان» به گل‌محمدی تاختند. حملات و فشارهای رسانه‌ای که تا تعیین جانشین برای این سرمربی پیش از بازی‌های حساس آسیایی برابر النصر و الدحیل هم پیش رفت.
او در پایان نیم‌فصل، تیمی که سه بازیکن ملی‌پوش خود (پورعلی‌گنجی، امیری و سلمانی) را با آسیب‌دیدگی طولانی‌مدت از دست بود، در رده سوم جدول و فاصله دو امتیازی با صدر تحویل سرمربی بعد می‌دهد تا رسما دوران حضور چهارساله‌اش در پرسپولیس با شش جام و یک نایب‌قهرمانی آسیا تمام شود.